Η μόνιμη έκθεση του Αρχαιολογικού Μουσείου Μεσαράς έχει τίτλο «Εν μέσω Ορέων, Η ανθρώπινη παρουσία στη Μεσαρά από τους προϊστορικούς ως τους χριστιανικούς χρόνους». 

Η Μεσαρά είναι περιοχή με μεγάλη πυκνότητα αρχαιολογικών χώρων και μνημείων. Το ίδιο το Μουσείο χωροθετείται στο δυτικό άκρο του αρχαιολογικού χώρου της Γόρτυνας, που καλύπτει τα όρια της αρχαίας πόλης. Στόχος του Αρχαιολογικού Μουσείου Μεσαράς είναι ν’ αποτελέσει τον πυρήνα διασύνδεσης όλων των αρχαιολογικών χώρων της περιοχής.