Μέσα στα γραφικά πλακόστρωτα σοκάκια του ιστορικού κέντρου και κοντά στον Μητροπολιτικό Ναό του Αγ. Μηνά, στην οδό Ταξιάρχου Μαρκοπούλου, υπάρχει ένας ιστορικός  βυζαντινός ναός.  Ο ναός του Αγίου Ματθαίου.

Πάνω από τη βόρεια είσοδο του ναού έχει εντοιχιστεί ανάγλυφη μαρμάρινη πλάκα που εικονίζει τον Ευαγγελιστή Ματθαίο.

Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Οθωμανούς, παραχωρήθηκε στη Μονή Αγίας Αικατερίνης Σινά. Για τον επόμενο ένα αιώνα ο ναός αποτελούσε το μοναδικό εν λειτουργία ορθόδοξο ναό του Χάνδακα.

Σήμερα φιλοξενεί μια σπάνια συλλογή εικόνων, στην οποία περιλαμβάνονται σημαντικά έργα της Κρητικής Σχολής, όπως «Η Σταύρωση» του Γεωργίου Καστροφύλακα (1752), «Ο Άγιος Τίτος και σκηνές του βίου των δέκα μαρτύρων» του Ιωάννη Κορνάρου (1773) αλλά και δύο ανυπόγραφες εικόνες του Μιχαήλ Δαμασκηνού.