Δίπλα στον Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνά, ο ναός της Αγίας Αικατερίνης αποτελεί ένα από τα καλύτερα διατηρημένα δείγματα αστικής ναοδομίας της Ενετοκρατίας.
Το σπουδαιότερο ορθόδοξο μοναστήρι στο Χάνδακα ήταν της Αγίας Αικατερίνης των Σιναϊτών. Το σωζόμενο κτήριο αποτελούσε το καθολικό της μονής κατά το 16ο αιώνα.
Κατά την Ενετοκρατία στη μονή της Αγίας Αικατερίνης διδάσκονταν τα έργα από αρχαίους Έλληνες συγγραφείς, φιλοσοφία, θεολογία και ζωγραφική. Εδώ εκπαιδεύτηκαν σπουδαίοι άνθρωποι των γραμμάτων, ανάμεσα τους ο Βιτσέντζος Κορνάρος, ο Γεώργιος Χορτάτζης και ο Δομήνικος Θεοτοκόπουλος.
Σήμερα το Μουσείο Χριστιανικής Τέχνης Αγίας Αικατερίνης Σιναϊτών λειτουργεί ως μουσείο και στεγάζει την έκθεση της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης με αντιπροσωπευτικά έργα της Κρητικής Αναγέννησης. Ξεχωριστή θέση κατέχουν οι φορητές εικόνες του Άγγελου Ακοτάντου και του Μιχαήλ Δαμασκηνού, του σημαντικότερου ζωγράφου της «Κρητικής Σχολής Αγιογραφίας».
