Ο μικρός ναός που βρίσκεται δίπλα στον Άγιο Μηνά κτίστηκε κατά τον 17ο αιώνα, και αρχικά ήταν αφιερωμένος στην Παναγία της Παντάνασσας. Μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς (1669) ο ναός εγκαταλείφθηκε για πολλά χρόνια, μέχρι το 1735, οπότε και ανακαινίστηκε προκειμένου να λειτουργήσει ως μητροπολιτικός ναός της πόλης, όπως όριζε σχετικό σουλτανικό φιρμάνι. Τότε τα δύο κλίτη του αφιερώθηκαν στην Υπαπαντή του Χριστού και στον Άγιο Μηνά. Ιδιαίτερα φροντισμένη ήταν η εσωτερική του διακόσμηση με αφιερώματα πιστών από όλη την Κρήτη. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν τα ξυλόγλυπτα επίχρυσα τέμπλα και  εξαιρετικής ποιότητας εικόνες, όπως αυτές του Γεωργίου Καστροφύλακα που χρονολογούνται στον 18ο αιώνα . Ο ναός, μάλιστα, συνδέθηκε στενά με τον θρύλο που θέλει τον Άγιο Μηνά να παρεμβαίνει θαυματουργά και να προστατεύει τους χριστιανούς της πόλης από τις οθωμανικές αντεκδικήσεις κατά τη διάρκεια του ταραγμένου και γεμάτου βιαιότητα 19ου αιώνα. Παρά τις μεγάλες καταστροφές που υπέστη από σεισμούς, σήμερα, χάρις τη συντήρηση και την ανακαίνιση από την Αρχαιολογική υπηρεσία, ο ναός εξακολουθεί να είναι λειτουργικός.